拍打式均质器使用无菌均质袋，拍击的机械装置作用在均质袋上，不和样品直接接触，因此不会受污染。拍击式均质器由于使用方便，不易受污染，使用越来越广泛。但其缺点是均质的力量不足，对于坚硬的样品不但无法均质均匀，还会引起均质袋的破损。
拍打式均质器的操作步骤：
1.将样品放入无菌均质袋中(一般为25g)。
2.倒入225ml灭菌生理盐水或缓冲蛋白胨水，或根据检测要求，倒入标准中规定的液体培养基。
3.将装有样品的均质袋放入均质器中，均质袋的开口在关闭均质器时夹住。
4.设置参数(拍击速度、拍击时间等)。
5.扳下扳手，进行样品均质。
6.均质结束后，往上抬起扳手打开均质器门，取出样品均质袋。
拍打式均质器的注意事项：
1.使用前先将电源插头固定牢靠后，再打开机器开关。插头不能使其出现松动，因为机器工作时会产生振动导致插头脱落。这种突然短点对机器会造成损伤。
2.均质器工作时不准随便打开均质器门，防止样液飞溅(有的均质器打开门以后自动停止拍击均质)，一定要先关机器再开门，然后同样关闭门之后再开机。
3.使用均质器之前，一定要检查均质器内是否有异物，防止损伤机械装置或均质袋。
4.坚硬样品，尽量不要用拍打式均质器，防止均质袋破裂，冷冻样品需缓化解冻以后才能使用拍击式均质器。当一定要拍打坚硬样品时，最好加套均质袋。
5.均质器的底部是空的，如遇均质袋意外破裂时，方便清理溢出物。
6.均质器和均质袋放置在阴凉干燥处，特别是均质袋应避酸碱、避阳光，防止其过早的变脆老化。
7.均质器用完之后，先关机断电，然后将其内外清理干净。
8.对于一些拍打均质后，容易堵塞移液管或移液器枪头的样品，建议使用带过滤网的无菌均质袋。
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